Mellem kongresserne ledes Jordemoderforeningen af en hovedbestyrelse. Den består af forkvinde, næstforkvinde, forkvinderne fra Jordemoderforeningens kredse og forkvinden for lederkredsen samt to øvrige medlemmer – i alt ti hovedbestyrelsesmedlemmer. Forkvinde, næstforkvinde og de to øvrige medlemmer er valgt ved urafstemning blandt samtlige medlemmer. Valget gælder en periode på fire år for forkvinde og næstforkvinde og for to år for de to øvrige. Kredsforkvinder vælges lokalt ved urafstemning i kredsen for en periode af to år.
