Hovedbestyrelsen godkendte i juni 2005 en samarbejdsaftale med Jordemoderfagligt Selskab. Sammen vil forening og selskab arbejde for at udvikle jordemoderfaglig praksis og metode og for at synliggøre faget. Foreningens og selskabets formænd udgør et samarbejdsudvalg, der løbende træffer beslutninger om det videre samarbejde.
ordemoderforeningens udviklingskonsulent er daglig kontaktperson i samarbejdet. Alle medlemmer af Jordemoderforeningen kan blive medlemmer af Jordemoderfagligt Selskab, mens medlemmer, der melder sig ud af Jordemoderforeningen, men fortsat arbejder som jordemødre, ikke kan være medlem af selskabet.
Jordemoderfagligt Selskab har været inviteret til at deltage i hovedbestyrelsens arbejde, men har pga. mangel på ressourcer i selskabets bestyrelse ikke kunnet deltage. Hovedbestyrelsen håber meget, at samarbejdet mellem forening og selskab for alvor kan udvikle sig i de kommende år — først og fremmest ved at flere jordemødre engagerer sig aktivt i selskabet.